Pusat Halal UNAIR menjalankan fungsi dan peran kelembagaan sebagai Lembaga Pemeriksa Halal (LPH) Universitas Airlangga dalam proses sertifikasi halal di Indonesia. Secara struktural, Lembaga Pemeriksa Halal Universitas Airlangga (LPH UA) bertanggungjawab dibawah rektor melalui unit Pusat Halal. Namun demikian, LPH UA merupakan sub-unit independen yang memiliki kemandirian dalam bisnis proses sertifikasi halal di Indonesia bersama Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal. LPH UA memiliki kewenangan dan peran sesuai tata perundangan yang berlaku di Indonesia dan menerapkan sistem manajemen mutu berbasis kesesuaian persyaratan inspection agency sesuai ISO 17064 : 2012.